交通运输对无证企业的车辆扣押的法律依据主要是《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定。具体来说：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条：违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

2. 扣押车辆的情形：

   • 在实际执法中，如果交通运输管理部门发现有无证企业从事道路运输经营，且存在违法事实确凿、证据充分的情况，为了制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生或控制危险扩大，可以依据相关法律法规的规定，对涉案车辆进行扣押。

3. 扣押程序的合法性：

   • 交通运输管理部门在扣押车辆时，必须严格遵守法定程序，包括出示执法证件、告知当事人扣押的理由、依据和期限，以及当事人依法享有的权利等。同时，扣押的车辆应当妥善保管，不得使用或者损毁。

4. 后续处理：

   • 扣押车辆后，交通运输管理部门会进一步调查处理，根据违法行为的性质和情节，依法作出相应的行政处罚决定。如果当事人对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

综上所述，交通运输对无证企业的车辆扣押是依法进行的，其法律依据主要是《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定。在执法过程中，交通运输管理部门必须严格遵守法定程序，确保执法的合法性和公正性。如果当事人对扣押行为或处罚决定有异议，可以依法维护自己的合法权益。