长期工干三个月辞职，工资通常不会扣。下面我为您详细解释：

1. 正常辞职程序：

   • 根据我国《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者提前30天以书面形式通知用人单位，或在试用期内提前3天通知用人单位，可以解除劳动合同。
   • 在这种情况下，用人单位应当足额支付劳动者的工资，不得无故克扣。

2. 特殊情况：

   • 如果劳动者未提前通知用人单位而擅自离职，且给用人单位造成了实际损失，用人单位有权要求劳动者赔偿。
   • 但赔偿需基于用人单位能够举证证明的损失情况，且扣除的工资不得超过当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 单位无理由扣工资的处理：

   • 如果用人单位无正当理由扣除了劳动者的工资，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，长期工干三个月辞职，只要按照正常程序提前通知用人单位，并办理好离职手续，工资是不会被扣除的。如果遇到了单位无理由扣工资的情况，劳动者可以依法维权。