您好，关于“肇事逃逸扣6分罚款1000元是否会有案底”的问题，这主要取决于肇事逃逸行为是否构成了交通肇事罪以及是否被追究刑事责任。

首先，我们要明确“案底”通常指的是一个人是否有犯罪记录。在交通肇事方面，如果肇事逃逸行为严重到构成了交通肇事罪，并且被司法机关依法追究了刑事责任，那么这种情况下是会在个人档案中留下犯罪记录的，也就是通常所说的“案底”。

然而，并不是所有的肇事逃逸行为都会构成犯罪。根据我国的法律规定，交通肇事逃逸行为如果未造成严重后果，或者虽然造成了一定后果但未达到构成犯罪的标准，那么通常只会受到行政处罚，比如您提到的扣6分、罚款1000元等。这种情况下，是不会在个人档案中留下犯罪记录的。

此外，还需要注意的是，即使肇事逃逸行为未构成犯罪，但也是一种严重的交通违法行为，会对个人的驾驶记录和信誉产生不良影响。因此，建议驾驶人在发生交通事故后，无论事故大小，都应该立即停车、保护现场、抢救受伤人员并报警处理，以避免不必要的法律风险和损失。

综上所述，肇事逃逸扣6分罚款1000元是否会有案底，主要取决于肇事逃逸行为是否构成了交通肇事罪以及是否被追究刑事责任。如果未构成犯罪或未被追究刑事责任，那么通常不会留下案底。但无论如何，肇事逃逸都是一种严重的交通违法行为，应该尽量避免。