共同财产自建房离婚后，通过补充协议明确相关权益，并确保其与原离婚协议具有同等法律效力，关键在于协议的合法性和双方的真实意愿表达。以下是具体步骤和要点：

1. 明确协议内容：

   • 补充协议应明确涉及的自建房的具体位置、面积、产权归属等详细信息。
   • 阐明双方对自建房的处理方式，如分割、归属、使用权等。
   • 确保协议内容不违反法律法规，不损害第三方利益。

2. 双方协商一致：

   • 补充协议必须基于双方的真实意愿，任何一方不得被强迫或欺诈。
   • 建议在签署前，双方充分沟通并协商，确保对协议内容无异议。

3. 书面形式签订：

   • 补充协议应以书面形式签订，避免口头协议带来的不确定性。
   • 协议内容应清晰、明确，无歧义。

4. 签署并盖章：

   • 双方应在协议上亲笔签名，并加盖公章或手印以增强法律效力。
   • 如有可能，建议邀请第三方见证或公证，以增加协议的公信力。

5. 与原离婚协议衔接：

   • 补充协议应明确说明其是对原离婚协议的补充或修改，并注明原协议的签订时间和内容。
   • 确保补充协议与原协议在内容上保持一致，无冲突或矛盾。

6. 法律审查：

   • 在签署前，建议双方各自咨询专业律师，对协议内容进行法律审查。
   • 律师可以确保协议的合法性，避免潜在的法律风险。

7. 保存证据：

   • 签署后的补充协议应妥善保存，作为双方权益的凭证。
   • 如发生争议，协议将成为解决纠纷的重要依据。

综上所述，通过遵循上述步骤和要点，可以确保共同财产自建房离婚后的补充协议与原离婚协议具有同等法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。