卫生院合同制员工的辞职流程，其实遵循的是一般劳动合同制员工的辞职规定。下面我将为你详细解释这一流程：

一、提前通知

根据《劳动合同法》的规定，员工想要辞职，需要提前30日以书面形式通知用人单位。这意味着，你需要提前一个月向卫生院提交书面的辞职报告或辞职信。请确保你的辞职信内容明确，表达了你辞职的意愿，并注明辞职的日期。

二、工作交接

在提交辞职信后，你需要与卫生院进行工作交接。这包括你当前负责的工作内容、项目进度、患者情况（如果适用）、文件资料等。确保所有工作都交接清楚，以免给卫生院带来不必要的麻烦，也保护了自己的职业声誉。

三、离职手续的办理

1. 离职证明：在离职时，卫生院应当为你开具离职证明。这是证明你已经离职的重要文件，对于你后续找工作或办理相关手续都非常有用。
2. 证件和资料的返还：如果卫生院在你工作期间保管了你的某些证件（如护理资格证等），在离职时应当将这些证件返还给你。如果卫生院拒绝返还，你可以通过法律途径来维护自己的权益。
3. 社保和档案的转移：离职后，卫生院还需要协助你办理社保和档案的转移手续。这是确保你的社保权益不受影响的重要环节。

四、特殊情况处理

1. 卫生院不接受离职：如果卫生院无理由不接受你的离职申请，你可以通过友好协商的方式尝试解决。如果协商不成，你可以向当地的劳动仲裁部门申请劳动仲裁，来维护自己的合法权益。
2. 证件被扣押：如果卫生院扣押了你的证件，这是违法行为。你可以向劳动行政部门投诉，要求卫生院限期退还你的证件，并可以依法追究其法律责任。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个辞职过程中，请务必保留好所有相关的证据，如辞职信的邮寄凭证、工作交接的记录、离职证明的开具情况等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将起到关键作用。
2. 遵守规定：虽然你有辞职的权利，但在辞职过程中仍需遵守卫生院的规章制度和法律法规，确保离职过程的顺利进行。

综上所述，卫生院合同制员工的辞职流程并不复杂，但需要你按照相关规定和程序来操作。希望这个解答能够帮助你更好地了解辞职流程，并顺利办理离职手续。