结论前置：保底4000旷工扣1000是否合法，取决于具体的劳动合同约定以及公司规章制度，同时还需考虑扣除金额是否合理且不违反法律法规的相关规定。

分析说明：

1. 劳动合同与公司规章制度：

   • 首先，要查看劳动合同中是否有关于旷工及相应处罚的明确约定。如果劳动合同中明确规定了旷工一天扣除1000元的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定执行是合法的。
   • 其次，公司规章制度中也可能对旷工行为有相应的处理规定。如果规章制度经过民主程序制定，且内容不违反法律法规，员工也已知悉并同意，那么按照规章制度执行也是合法的。

2. 扣除金额的合理性：

   • 即便劳动合同或公司规章制度中有关于旷工扣除的约定，也需要考虑扣除金额是否合理。如果扣除金额过高，导致员工实际收入低于最低工资标准，或者明显超出了员工旷工行为给公司造成的实际损失，那么这样的扣除可能是不合理的，甚至可能构成违法。

3. 法律法规的约束：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位有权对员工的违纪行为进行处罚，但处罚必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 如果用人单位的扣除行为违反了法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 因此，保底4000旷工扣1000是否合法，需要综合考虑劳动合同约定、公司规章制度、扣除金额的合理性以及法律法规的约束。
• 如果员工对扣除行为有异议，建议首先查看劳动合同和公司规章制度的相关规定，并评估扣除金额的合理性。如果认为扣除行为不合法或不合理，可以向用人单位提出质疑，或者向劳动监察部门投诉。
• 同时，用人单位在制定劳动合同和公司规章制度时，也应确保相关条款的合法性、合理性和明确性，以避免因违反法律法规而引发纠纷。