针对你提出的“非法出售增值税专用发票罪中违法所得能否扣除开票时已缴纳的增值税”这一问题，我的明确回答是：在非法出售增值税专用发票罪中，违法所得不能扣除开票时已缴纳的增值税。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律性质不同：
   • 非法出售增值税专用发票罪是刑法范畴的犯罪行为，其违法所得是指通过该犯罪行为所获得的全部收入。
   • 增值税是税法范畴的税种，开票时已缴纳的增值税是依法应履行的纳税义务。

两者在法律性质上完全不同，不能相互抵扣或扣除。

1. 违法所得的计算：

   • 违法所得的计算应基于犯罪行为所获得的全部收入，而不考虑任何成本或费用。
   • 在非法出售增值税专用发票的案件中，违法所得应包括出售发票所获得的全部金额，而不扣除任何已缴纳的税费或其他成本。

2. 法律后果：

   • 非法出售增值税专用发票罪的违法所得将作为量刑的重要依据之一。
   • 如果允许扣除已缴纳的增值税，将可能减轻犯罪分子的法律责任，这与刑法的惩罚性原则相悖。

3. 税务处理与刑事处理的关系：

   • 税务处理与刑事处理是两个独立的法律程序，各自依据不同的法律规定进行。
   • 在刑事处理中，不会考虑税务处理的结果，即不会因已缴纳增值税而减少违法所得的认定。

综上所述，非法出售增值税专用发票罪中的违法所得不能扣除开票时已缴纳的增值税。这是基于法律性质、违法所得的计算、法律后果以及税务处理与刑事处理关系等多方面的考虑。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。