关于合作协议与章程的效力问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

1. 章程的效力：

   • 章程是公司组织和活动的基本准则，对公司、股东、董事、监事及高级管理人员等都具有普遍的约束力。
   • 章程规范了公司内部的治理结构和运营的基本规则，是公司运营的基本遵循。
   • 章程的效力贯穿公司从设立到注销的整个存续期间。

2. 合资协议的效力：

   • 合资协议主要规范合资各方在合作过程中的权利义务等具体事宜。
   • 在合资公司的设立筹备以及后续运营过程中，合资协议发挥着关键作用。
   • 合资协议通常签订在章程之前，且可能经各股东一致同意。

3. 二者效力的比较：

   • 一般来说，章程的效力高于合资协议。因为章程是经过法定程序制定的，具有强制约束力。
   • 若合资协议与章程发生冲突，通常以章程为准。但这也并非绝对，若合资协议中的某些特定条款在签订时得到了各股东的一致同意，并且这些条款在后续没有被章程所明确否定，那么这些特定条款可能具有优先效力。

4. 实际案例应用：

   • 以小朱、小李、小胡共同出资设立公司为例，他们先签订了合资协议，后制定了章程。在公司运营中，对于某项重大决策的程序问题，合资协议与章程规定不一致。此时，应优先考虑章程的规定，因为章程具有更高的法律效力。

综上所述，合作协议与章程在公司运营中都扮演着重要的角色，但二者的效力存在差异。在大多数情况下，章程的效力高于合资协议。然而，在具体应用中还需考虑合资协议中的特定条款以及各方的实际约定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。