当营运车辆停在路边被摩托车追尾时，您可以按照以下步骤进行处理：

一、确保安全与报警

1. 确保人身安全：首先确保自己和其他涉事人员的安全，如果可能的话，将车辆移至不阻碍交通的地方。
2. 报警：立即拨打当地的紧急电话报警，请求交警到场处理。交警会进行事故现场勘查，并出具事故责任认定书，这是后续处理事故和索赔的重要依据。

二、责任判定

根据事故的具体情况，责任判定可能如下：

1. 后车全责：如果摩托车在行驶中追尾静止的营运车辆，且营运车辆已按规定停放（如开启了危险预警闪光灯、设立了警示标志等），则摩托车通常应承担事故的全部责任。
2. 前车次责或共责：如果营运车辆未按规定停放（如未开启危险预警闪光灯、未设立警示标志等），则可能承担事故的次要责任；若营运车辆存在超长等违规行为且未设立明显警示标志，也可能导致承担次要责任。

三、收集证据

1. 现场照片：拍摄事故现场的照片，包括车辆位置、损坏情况、周围环境等，以便后续作为证据使用。
2. 证人信息：如果有目击者，记录下他们的联系方式和证言，这可能对事故责任判定有所帮助。
3. 事故责任认定书：确保从交警处获取事故责任认定书，这是后续处理事故和索赔的关键文件。

四、索赔流程

1. 车辆维修费用：根据实际的维修发票和清单，向责任方索赔车辆维修费用，包括零部件更换费用和维修工时费等。
2. 停运损失：如果车辆维修时间较长，导致营运收入减少，您可以提供营运合同、收入流水等证据，向责任方索赔停运损失。
3. 其他费用：如因车辆维修而产生的交通费等合理费用，也可以向责任方提出索赔。

五、协商与诉讼

1. 协商：首先尝试与责任方进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
2. 诉讼：如果协商无果，您可以向法院提起诉讼，要求责任方承担赔偿责任。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张。

总之，在处理营运车辆被摩托车追尾的事故时，您需要保持冷静，按照上述步骤进行操作。同时，注意保留好所有相关证据，以便后续索赔和诉讼使用。