如果两家公司在提交标书时出现了上传反了的情况，这通常意味着一家公司的标书内容被错误地提交给了另一家公司的招标项目，或者两家公司的标书内容相互混淆了。这种情况可能会对双方的商业机会和声誉造成不利影响，因此需要谨慎处理。

首先，结论是：两家公司应立即与招标方取得联系，说明情况并请求更正或重新提交标书。同时，双方也应内部审查并确认错误的具体原因，以避免类似情况再次发生。

接下来，我将从多个角度给出具体的建议：

1. 与招标方沟通：

   • 尽快以书面形式（如电子邮件或正式信函）通知招标方，详细说明标书上传错误的情况，包括错误的具体内容、发生的原因以及双方公司的正确标书信息。
   • 请求招标方给予一定的宽限期，以便双方能够重新提交正确的标书。
   • 如果招标方有特定的更正流程或要求，务必遵循并积极配合。

2. 内部审查与整改：

   • 双方公司应各自成立专项小组，对标书上传流程进行全面审查，找出导致错误的具体环节和责任人。
   • 针对发现的问题，制定详细的整改措施，包括优化流程、加强培训、明确责任等，以确保类似错误不再发生。
   • 对相关责任人进行必要的处理，以警示其他员工并维护公司纪律。

3. 法律风险评估与应对：

   • 评估标书上传错误可能带来的法律风险，包括商业机会损失、声誉损害、法律责任等。
   • 根据风险评估结果，制定相应的应对策略，如寻求法律救济、与招标方协商解决方案、加强内部合规管理等。

4. 后续跟进与反馈：

   • 在与招标方沟通并重新提交标书后，密切关注招标方的反馈和后续处理情况。
   • 如果招标方对双方公司的处理方式和态度表示认可，可以进一步加强与招标方的合作关系，争取更多的商业机会。
   • 如果招标方对双方公司产生了不良印象或采取了不利措施，应积极寻求补救措施并加强与招标方的沟通，以挽回声誉和损失。

总之，两家公司应共同面对标书上传错误的问题，积极与招标方沟通并寻求解决方案。同时，双方也应加强内部管理和合规意识，确保类似错误不再发生。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以随时向我咨询。