结论：两家公司使用同一个法人但法人章用反了，这一情况需要根据具体使用场景和后果来评估风险，并采取相应的补救措施。以下是从不同角度的详细分析：
合同签署场景：
- 风险分析：若在合同签署过程中，本应使用A公司法人章却误用了B公司法人章，这可能导致合同主体身份混淆，引发合同效力争议。对方可能主张合同并非与预期的公司签订，从而拒绝履行合同义务或寻求撤销合同。
- 补救措施：一旦发现错误，应立即与合同对方沟通，说明情况，并协商重新签署合同或出具补充协议，明确合同主体及各方权利义务。同时，保留好原合同及沟通记录，以备不时之需。
公司内部管理场景：
- 风险分析：法人章作为公司重要印鉴，其使用应严格遵循公司内部管理制度。误用可能导致公司内部管理混乱，甚至引发内部纠纷。例如，员工可能利用此漏洞进行不当操作，损害公司利益。
- 补救措施：公司应立即审查并完善印鉴管理制度，明确法人章的使用范围、审批流程及责任追究机制。对已发生的误用情况，应进行内部调查，查明原因，并对相关责任人进行处理。同时，加强员工培训，提高印鉴管理意识。
法律后果与责任承担：
- 法律后果：误用法人章可能构成表见代理或无权代理，具体取决于对方是否善意且无过失地相信行为人有权代表公司签署文件。若构成表见代理，公司可能需承担合同责任；若构成无权代理，且公司未追认，则合同对公司不发生效力，但行为人可能需承担个人责任。
- 责任承担：公司应根据实际情况，评估误用法人章可能带来的法律后果，并准备相应的应对措施。如涉及诉讼或仲裁，应积极应诉或参与调解，维护公司合法权益。
预防措施与建议：
- 加强印鉴管理：公司应建立严格的印鉴管理制度，包括法人章的保管、使用、审批及登记等环节。确保法人章的使用有迹可循，防止滥用或误用。
- 提高员工意识：定期对员工进行印鉴管理培训，提高员工对印鉴重要性的认识及使用规范。强调法人章使用的严肃性，避免随意使用或借予他人。
- 建立应急机制：针对可能出现的印鉴误用情况，公司应建立应急机制，包括及时沟通、协商补救、法律应对等措施。确保在问题发生时能够迅速响应，降低损失。
总结与建议：两家公司使用同一个法人但法人章用反了，这一情况需要公司高度重视并立即采取补救措施。公司应审查并完善印鉴管理制度，加强员工培训，提高印鉴管理意识。同时，针对已发生的误用情况，应积极与合同对方沟通协商，明确合同主体及各方权利义务。如有需要，可向我进一步咨询具体法律问题及应对策略。