当发现员工侵占公司财产时，公司应采取一系列有序且全面的措施来维护自身的合法权益。以下是对此问题的详细解答和建议：
一、立即启动内部调查与证据收集
组织紧急调查：
- 迅速组织财务、审计等部门开展内部调查，明确财产损失的具体金额、涉及的业务环节以及资金流向。
全面且细致地收集证据：
- 收集包括财务报表、交易记录、合同、发票、付款凭证等书面证据。
- 不容忽视的是电子数据证据，如电子邮件、聊天记录、监控录像等，这些都需要及时备份，并考虑进行公证以确保其法律效力。
- 同时，也要收集可能的证人证言，以构建完整的证据链。
二、确定侵占主体
- 根据内部调查的结果，准确识别出实施侵占行为的员工，为后续的法律行动奠定坚实基础。
三、依法采取法律措施
尝试内部协商解决：
- 在掌握确凿证据的基础上，首先尝试与员工进行沟通协商，要求其返还侵占的财产，并考虑要求其承担相应的赔偿责任。
- 协商过程中应保留完整的记录，以备后续使用。
向公安机关报案：
- 若协商无果，且侵占行为涉嫌犯罪（如职务侵占罪），公司应立即向有管辖权的公安机关报案。
- 提交详细的报案材料，包括上述收集到的所有证据，并积极配合公安机关的调查工作。
考虑提起民事诉讼：
- 对于不构成犯罪但确实给公司造成经济损失的侵占行为，公司可以通过民事诉讼途径来要求员工赔偿损失。
- 需要准备充分的证据材料，并按照法院的要求提交起诉状及相关文件。
- 积极参与诉讼过程，争取获得有利的判决。
四、加强内部管理以防止类似事件再次发生
完善相关制度：
- 修订和完善公司的财务制度、内部控制制度等，确保管理上的漏洞得到及时堵塞。
提高员工的法律意识：
- 定期开展法律培训活动，增强员工的法制观念和风险防范意识。
建立健全的审计机制：
- 设立内部审计部门或委托外部审计机构定期对公司的财务状况进行审计。
- 及时发现并纠正存在的问题，确保公司资产的安全。
五、总结与建议
面对员工侵占公司财产的严峻情况，公司应迅速响应并采取综合措施来保护自身权益。内部调查与证据收集是基础工作；确定侵占主体是关键步骤；依法采取法律措施是核心行动；而加强内部管理则是长远之计。在整个处理过程中，建议公司寻求专业律师的法律支持以确保行动的合法性和有效性，从而最大限度地维护公司的合法权益。