针对您提出的“违反案件程序规定第31条怎么处理”的问题，以下是我给出的详细解答。

首先，我们需要明确《公安机关办理刑事案件程序规定》第31条的具体内容。该条规定，公安机关负责人、侦查人员不得有违反规定会见本案当事人及其委托人，可能影响案件公正办理的行为。这是为了确保案件的公正、公平和独立性，防止任何可能的外界干扰。

那么，一旦违反了这一规定，应该如何处理呢？

1. 回避制度的应用：

   • 如果发现公安机关负责人或侦查人员有违反第31条的行为，他们应当立即自行回避，即不再参与该案件的侦查、审理等工作。
   • 当事人及其法定代理人也有权要求他们回避，以确保案件的公正性。

2. 内部监督与纠正：

   • 公安机关内部应设立监督机制，对侦查人员的行为进行监督和检查。一旦发现违规行为，应及时进行纠正，并对相关人员进行纪律处分。
   • 对于严重违反规定，造成案件处理不公或产生其他严重后果的，应依法追究相关人员的法律责任。

3. 案件重新审查：

   • 如果因为违反第31条的规定，导致案件处理可能受到不公正影响，公安机关应当对案件进行重新审查。
   • 重新审查的目的是确保案件的公正性，消除任何可能的偏见或不当影响。

4. 加强教育培训：

   • 公安机关应加强对侦查人员的教育培训，提高他们的法律意识和职业素养。
   • 通过培训，使侦查人员更加明确自己的职责和义务，增强遵守法律法规的自觉性。

综上所述，违反《公安机关办理刑事案件程序规定》第31条的行为应得到严肃处理。通过回避制度的应用、内部监督与纠正、案件重新审查以及加强教育培训等措施，可以确保案件的公正、公平和独立性，维护法律的尊严和权威。同时，也提醒广大侦查人员要严格遵守法律法规，恪尽职守，为人民群众提供公正、高效的法律服务。