针对您提出的问题，“串通投标超过两年行政处罚时效是从中标通知发出算起还是工程结束时间”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确行政处罚时效的计算原则。根据《行政处罚法》的相关规定，一般情况下，若违法行为在二年内未被行政机关发现，就不再给予行政处罚。但这里有一个重要的前提，即时效的计算是从违法行为发生之日起算。如果违法行为是连续或继续状态的，那么时效则从行为终了之日起算。

接下来，我们具体分析串通投标这一违法行为。串通投标通常是一个持续性的行为，它可能从投标准备阶段开始，一直持续到中标通知发出，甚至可能在中标后的合同履行过程中仍有体现。因此，对于串通投标的行政处罚时效，我们不能简单地以中标通知发出或工程结束时间为准。

正确的做法应该是，根据串通投标行为的具体持续时间和情况，来确定时效的起算点。如果串通投标行为在中标通知发出前就已经结束，那么时效就应该从中标通知发出前该行为终了之日起算。如果串通投标行为在中标后仍有持续，比如通过不正当手段影响合同履行，那么时效就应该从该行为最终结束之日起算。

综上所述，串通投标的行政处罚时效并不是简单地从中标通知发出或工程结束时间起算，而是要根据违法行为的具体持续时间和情况来确定。如果串通投标行为已经超过了两年的时效期限，并且没有连续或继续的状态，那么行政机关就不能再对该行为进行行政处罚。

希望这个解答能够清晰地回答您的问题，并为您提供足够的信息和深度。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。