如果三个品牌在招标中存在持股关系，是否有问题，需要具体分析。以下是从不同角度进行的详细解答：
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，并未明确规定参与招标的品牌之间不得存在持股关系。因此，从法律条文层面来看，三个品牌之间存在持股关系并不直接违反招标法的规定。
招标公平性与透明度角度：
- 虽然法律未明确禁止，但招标活动应遵循公平、公正、公开的原则。如果三个存在持股关系的品牌同时参与同一项目的招标，可能会引发其他投标人对招标公平性的质疑。特别是当这三个品牌中的某一个或某几个因为持股关系而享有特殊优势时，更容易引发不公平竞争的担忧。
招标文件与要求角度：
- 具体是否允许存在持股关系的品牌同时参与招标，还需查看招标文件中是否有相关规定。有些招标文件可能会明确要求或限制参与投标的品牌之间的关系，以确保招标的公平性和竞争性。
实际操作与风险防控角度：
- 在实际操作中，如果三个存在持股关系的品牌同时参与招标，建议提前向招标方或相关监管机构进行咨询和沟通，明确是否符合招标要求，并做好风险防控措施。例如，可以通过公开透明的方式展示各品牌之间的独立性和竞争性，以避免引发不必要的质疑和纠纷。
综上所述，三个品牌在招标中存在持股关系并不一定有问题，但需要根据具体情况进行分析和判断。建议参与招标的品牌在投标前仔细研究招标文件和相关法律法规，确保自身符合招标要求，并遵循公平、公正、公开的原则进行投标。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。