公务员在农村的儿子是可以在农村承包土地的。下面我将从几个方面来详细解释这个问题：

1. 法律依据：根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户。因此，只要公务员的儿子属于该农村集体经济组织的成员，他就有权参与土地的承包。

2. 身份关系：公务员的身份并不会影响其子女在农村的土地承包权。土地承包是基于农村集体经济组织成员的身份，而不是基于职业或身份地位。所以，即使其父亲是公务员，也不影响其子女在农村承包土地。

3. 实际情况：在农村，很多家庭都有成员在外工作，包括公务员、教师、医生等职业。这些家庭在农村的土地承包权并不会因为家庭成员的职业而受到影响。只要他们仍然是农村集体经济组织的成员，就有权承包土地。

综上所述，公务员在农村的儿子是可以在农村承包土地的，这是他的合法权益。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的咨询，请随时向我提问。