私自修改协议是一种严重的违约行为，其法律后果及处罚方式主要依据修改行为的性质、情节以及给对方造成的损失来确定。以下是对此问题的详细解答：
一、违约责任的承担
修改无效：
- 合同是双方意思表示一致的产物，任何一方未经对方同意擅自修改合同内容，该修改部分对对方不具有法律约束力，即修改无效。双方仍应按原合同内容履行。
赔偿责任：
- 私自修改协议构成违约，若给对方造成实际损失，违约方需承担赔偿责任。赔偿范围通常包括直接损失（如因修改导致的额外支出、费用等）和间接损失（如因修改导致的业务受阻、利润丧失等）。
- 赔偿额一般不超过违约一方在订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失，且约定赔偿一般超过实际损失的30%的部分不被支持。
二、可能构成的犯罪及处罚
- 合同诈骗：
- 若私自修改协议的行为情节严重，以非法占有为目的，通过签订合同骗取对方财物，且数额较大，则可能构成合同诈骗罪。
- 根据具体数额大小，犯罪者可能面临不同程度的刑罚及罚金处罚。例如，数额较大的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或没收财产。
三、赔偿流程与建议
收集证据：
- 在发现协议被私自修改后，首先应收集相关证据，包括原始合同文本、双方沟通记录、合同修改证明及因修改导致的损失凭证等。
协商处理：
- 尝试与对方进行协商，看是否能通过恢复原状、支付赔偿金等方式解决纠纷。
确定管辖法院：
- 若协商无果，需确定管辖法院，通常被告住所地或合同履行地的法院具有管辖权。
准备起诉状：
- 明确诉讼请求、事实理由及要求的赔偿金额，向法院提起诉讼。
寻求专业帮助：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询或委托专业律师，以确保自身权益得到有效维护。
综上所述，私自修改协议是严重的违约行为，可能引发复杂的法律问题和经济损失。因此，在合同签订后，双方应严格遵守合同约定，避免擅自修改，以免承担不必要的法律责任和经济损失。