当您起诉对方单位时，对方单位通常会知道。下面我详细为您解释这个过程：

在司法行政领域，当您决定起诉某个单位时，首先需要向法院提交起诉状，并附上相关证据材料。法院在收到您的起诉后，会进行审查，如果认为符合立案条件，就会正式受理案件，并向被告（即您起诉的单位）发送起诉状副本及应诉通知书。这意味着，对方单位在收到法院的起诉状副本和应诉通知书后，会正式得知您已经对其提起了诉讼。

接下来，对方单位需要根据应诉通知书的要求，在规定的时间内进行答辩准备，并可能委托律师代理应诉。在整个诉讼过程中，对方单位都有权了解并参与到案件的审理中来，包括查阅案卷材料、提出答辩意见、参加庭审等。

因此，从您提交起诉状的那一刻起，对方单位就有很大可能性会知道您对其提起了诉讼，并且会随着诉讼进程的推进而逐渐了解案件的具体内容和您的诉讼请求。

希望这个解释能够帮助您更好地理解起诉对方单位后对方是否会知道的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。