在撰写分居协议时，如果双方居住地址不确定，可以采取以下几种方式来处理分居协议中的居住地址部分：
一、明确现状并约定后续更新机制
现状描述：
- 在协议中注明双方目前因特定原因（如工作、租房变动等）无法确定具体的居住地址。
- 可以表述为：“鉴于双方目前居住情况不稳定，具体居住地址待后续确定。”
更新机制：
- 约定双方应在确定居住地址后的一定期限内（如一周或两周内）书面通知对方，并更新分居协议中的居住地址信息。
- 可以设立一个双方共同认可的沟通渠道（如电子邮箱、微信等），用于居住地址的更新和通知。
二、使用临时或替代地址
临时地址：
- 如果双方目前暂时有临时的居住安排，可以在协议中注明临时居住地址，并说明其临时性。
- 例如：“甲方目前暂时居住在[临时地址]，乙方目前暂时居住在[临时地址]，双方确认上述地址为分居期间的临时居住地址。”
替代地址：
- 如果双方无法提供具体的居住地址，可以考虑使用其他可联系到的地址作为替代，如双方的工作单位地址、父母家地址或双方共同认可的其他地址。
- 在协议中明确该地址仅为替代地址，用于分居期间的通讯和联系。
三、约定通讯方式和联系频率
通讯方式：
- 在协议中约定双方的分居期间应保持的通讯方式，如电话、电子邮箱、微信号等。
- 确保双方能够通过约定的通讯方式及时、有效地进行沟通和联系。
联系频率：
- 约定双方分居期间的联系频率，如每周至少联系一次，或根据实际需要随时联系。
- 这有助于保持双方之间的沟通和联系，避免因居住地址不确定而导致的沟通障碍。
四、法律建议和注意事项
法律咨询：
- 在签署分居协议前，建议双方咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
- 律师可以根据双方的具体情况和需求，为分居协议的撰写提供更具针对性的建议和指导。
保留证据：
- 双方应保留好分居协议的原件或复印件作为证据，以备后续可能发生的争议或纠纷。
- 同时，对于居住地址的更新和通知，也应保留好相关的书面证据或电子证据。
综上所述，当双方居住地址不确定时，可以在分居协议中明确现状并约定后续更新机制、使用临时或替代地址、约定通讯方式和联系频率等方式来处理。同时，建议双方在签署协议前咨询专业律师的意见，并保留好相关证据以备后续使用。