两个人不在一个城市，完全可以通过书面形式签订协议，且该协议在符合法定条件时具有法律效力。具体操作及注意事项如下：

1. 协议形式选择：

   • 书面协议：无论双方是否在同一城市，书面协议都是最直接、最有效的证据形式。协议内容应明确、具体，涵盖双方的权利义务、违约责任等关键条款。
   • 电子协议：随着电子签名技术的发展，双方也可以通过电子邮件、即时通讯工具或专门的电子合同平台签订电子协议。电子协议同样具有法律效力，但需确保电子签名的真实性和合法性。

2. 协议签订流程：

   • 协商确定条款：双方应就协议的主要内容进行充分协商，确保条款公平、合理，并符合双方的真实意愿。
   • 起草协议文本：根据协商结果，起草协议文本。协议文本应清晰、准确，避免使用模糊或歧义的语言。
   • 签署协议：双方可以在协议文本上签字或盖章，如果选择电子协议，则需使用合法的电子签名方式。
   • 交换协议副本：签署完成后，双方应交换协议副本，以确认各自持有的协议内容一致。

3. 法律效力保障：

   • 符合法定形式：确保协议符合《民法典》等相关法律法规关于合同形式的要求。例如，某些特定类型的合同可能需要采用书面形式或经过公证等程序才具有法律效力。
   • 真实意思表示：协议内容应体现双方的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 不违反法律强制性规定：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则可能导致协议无效或部分无效。

4. 异地签订的特殊考虑：

   • 邮寄签署：如果双方选择邮寄方式签署协议，应确保邮寄过程中的安全性和保密性，避免协议内容泄露或被篡改。
   • 视频见证：在签署协议时，双方可以通过视频通话等方式进行见证，以增强协议的真实性和可信度。但需注意，视频见证并不能完全替代公证等法定程序。
   • 公证或认证：对于某些重要或复杂的协议，双方可以考虑进行公证或认证，以进一步增强协议的法律效力。

5. 后续执行与争议解决：

   • 明确执行条款：在协议中明确约定执行条款，包括执行方式、执行期限等，以便在协议履行过程中有章可循。
   • 约定争议解决方式：双方可以在协议中约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。这有助于在发生争议时快速、有效地解决问题。

建议：在签订异地协议时，双方应充分沟通、协商，确保协议内容明确、具体，并符合法律法规的要求。如有需要，可以寻求专业律师的协助，以确保协议的法律效力和可执行性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。