双方不在一起签署协议，只要满足法定形式要件和实质要件，协议仍然有效。以下从不同角度详细分析：
一、形式要件
书面形式：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。在双方不在一起的情况下，书面形式是最常见且稳妥的方式。
- 书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。此外，以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，也视为书面形式。
签名或盖章：
- 双方应在书面协议上签名或盖章，以表明对协议内容的认可和接受。在双方不在一起的情况下，可以通过邮寄、传真、电子邮件等方式交换签署后的协议副本，或者使用电子签名技术进行远程签署。
- 电子签名：根据《中华人民共和国电子签名法》的规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。因此，在符合法定条件的情况下，电子签名也是有效的签署方式。
二、实质要件
意思表示真实：
- 双方签署协议时，必须确保意思表示真实，即协议内容是双方真实意愿的体现，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
内容合法合规：
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗，不得损害国家、集体或第三人的利益。
具备民事行为能力：
- 双方必须具备相应的民事行为能力，即能够独立进行民事活动并承担民事责任的能力。对于限制民事行为能力人或无民事行为能力人，需要由其法定代理人代为签署协议。
三、实际操作建议
选择可靠的签署方式：
- 在双方不在一起的情况下，建议选择邮寄、传真、电子邮件或电子签名等可靠的签署方式，以确保协议的真实性和有效性。
保留签署证据：
- 无论采用哪种签署方式，都应保留好签署证据，如邮寄凭证、传真记录、电子邮件往来记录或电子签名验证报告等，以备不时之需。
咨询专业律师（此条虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答时可侧重前述法律要点）：
- 在签署重要协议前，建议咨询专业律师，以确保协议内容合法合规，并充分了解签署过程中的法律风险和注意事项。不过，既然你已向我咨询，我会为你提供全面的法律支持。
总结来说，双方不在一起签署协议时，只要满足法定形式要件和实质要件，协议仍然有效。在实际操作中，应选择可靠的签署方式，保留好签署证据，并在必要时咨询专业律师。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。