关于车辆转让协议哪边按手印才有效的问题，首先我们要明确的是，按手印在车辆转让协议中并非必备要素，但它可以增强协议的证明力和可信度。通常，按手印的位置会位于合同的落款处，也就是写明买卖双方信息以及合同签订日期的部分。在这里按手印，能够明确表示当事人对合同内容的认可与接受，具有重要的法律效力。

在按手印时，应确保手指干净，以便清晰完整地留下指纹。然而，值得注意的是，即便没有按手印，只要协议上有双方当事人的签字或盖章，并且协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议同样是有效的。签字、盖章或按手印，都是体现当事人对合同内容认可的方式。

为了防止可能出现的争议，建议签字与按手印同时进行，这样可以进一步增强合同的法律效力。但无论如何，合同的生效主要取决于当事人是否具备相应的民事行为能力、意思表示是否真实以及合同内容是否合法。

总的来说，车辆转让协议的有效性并不完全取决于是否按手印，而是需要综合考虑多种因素。在实际操作中，为了确保协议的有效性，建议双方当事人在签订协议时务必谨慎，确保所有条款都清晰明确，并且符合法律法规的要求。