单位在帮您申请工伤认定时，如果提交的病历资料不齐全，确实可能会对工伤认定产生一定影响。这是因为工伤认定需要依据完整的医疗诊断证明来判断您是否因工作原因受到伤害，以及伤害的严重程度。

具体来说，病历资料是工伤认定过程中的重要证据之一，它记录了您的伤情、治疗过程和康复情况等信息。如果病历资料不齐全，可能会导致社会保险行政部门无法全面了解您的伤情和治疗效果，从而无法准确判断您是否符合工伤认定的条件。

不过，您也不必过于担心。根据相关规定，如果工伤认定申请人提供的材料不完整，社会保险行政部门会一次性书面告知您需要补正的全部材料。您只需要按照书面告知的要求，及时补正病历资料或其他相关证据，就可以确保工伤认定的顺利进行。

因此，建议您在申请工伤认定前，尽量收集齐全所有相关的病历资料和治疗记录。如果确实存在资料不齐全的情况，也可以及时与社会保险行政部门沟通，了解具体的补正要求和流程，以便尽快完成工伤认定的申请。