招投标代理合同的通用条款在一定条件下是可以修改的，但具体能否修改以及修改的程度需遵循相关法律法规和具体的招投标规定。

首先，如果是非实质性内容不合理，双方可以通过协商一致进行调整。这些非实质性内容可能涉及合同的某些细节或附属条款，它们的调整通常不会对合同的主要权利和义务产生根本性影响。

然而，对于合同的实质性内容，如合同标的、价款、质量、履行期限、违约责任等，这些条款是合同的核心，直接关系到双方当事人的利益和交易的公平性。根据相关法律法规，招标人和中标人不得订立背离这些实质性内容的其他协议。因此，在招投标完成后，这些实质性内容通常是不可调整的。

如果在招投标过程中发现合同条款存在不合理之处，投标人应在指定期限内对招标文件中的合同文本提出异议要求修改。一旦超出异议期，即丧失了对招标文件提出修改的建议权。

总的来说，招投标代理合同的通用条款能否修改，取决于修改的内容是否属于实质性内容以及是否遵循了相关法律法规和招投标规定。在任何情况下，合同的修改都应采用书面形式，并经过双方的签字盖章确认，以确保修改具有法律效力并防止后续产生纠纷。