工程款第三方公司代为支付在特定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
委托合同规定：根据《中华人民共和国民法典》第九百一十九条，工程款代付可视为一种委托支付行为，需存在明确的委托人和受托人关系。委托合同应明确委托事务、权限、期限、报酬等条款，确保双方权利和义务清晰。
民事法律行为有效性：代付行为需满足《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定的条件，即行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。
合法条件与操作指南
明确委托关系：在代付工程款前，务必通过书面形式（如委托协议）确认委托关系，详细列明委托事项、金额、范围等。
合法授权或约定：基于委托代理关系，发包方、承包方或其他相关方之间需存在明确的委托代理关系，并出具书面委托付款授权书。或者，建设工程合同中可事先约定在特定情况下由第三方代付工程款，该约定需真实、合法、有效。
遵守委托人指示：受托人应严格按照委托人的指示处理委托事务，包括向指定的收款人支付款项，任何变更均需征得委托人同意。
保留相关证据：受托人在代付过程中应妥善保留付款凭证、银行转账记录等相关证据，以备不时之需。
合规性审查：若代付业务涉及银行业金融机构或支付机构，需确保其具备相应资质，并遵守相关监管规定。
可能的风险与应对措施
非法经营风险：未经国家有关主管部门批准，擅自从事资金支付结算业务的，可能涉嫌非法经营罪。因此，代付方需确保自身具备合法资质。
损害公司利益风险：关联公司之间的代付行为应避免利用关联关系损害公司利益，否则可能违反《中华人民共和国公司法》的相关规定，并需承担赔偿责任。
逃避债务或恶意串通风险：代付行为不得用于逃避债务或恶意串通损害第三方利益，否则将被视为不合法，并可能面临法律责任。
综上所述，工程款第三方公司代为支付在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。为确保代付行为的合法性和有效性，各方应谨慎操作、明确委托关系、遵守法律法规和合同约定，并妥善应对可能的风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。