农用船非法载客是一种严重的违法行为，不仅危及公共安全，还会对正常的渔业生产秩序和水路运输秩序造成不良影响。针对这一行为，相关部门将依据法律法规进行严厉处罚。以下是对农用船非法载客处罚措施的详细解答：

一、法律依据

农用船非法载客的处理主要依据《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国内河交通安全管理条例》、《中华人民共和国渔业船员管理办法》以及地方的相关水上交通安全法规等。这些法律法规明确规定了渔船等非客运船只不得从事载客业务，为打击非法载客行为提供了法律基础。

二、处罚措施

1. 警告与责令改正：

   • 对于初次违法、情节较轻且未造成严重后果的农用船非法载客行为，相关部门将给予警告处罚，并责令立即停止违规行为，确保船只安全航行。

2. 罚款：

   • 根据不同法规和地方裁量基准，罚款额度有所不同。一般情况下，可处1000元以上1万元以下罚款。若因非法载客导致水上交通安全事故，造成人员伤亡或重大财产损失，罚款金额会大幅提高，甚至可达数十万元。

3. 暂扣或吊销相关证件：

   • 渔政部门和海事部门有权暂扣或吊销农用船的相关证件，包括渔业捕捞许可证、船舶检验证书、船员适任证书等。这将使船只暂时或永久失去合法作业和航行资格。

4. 拘留与刑事责任：

   • 如果非法载客行为严重危害公共安全，构成犯罪的，相关责任人可能会被追究刑事责任，面临拘役、有期徒刑等刑罚。例如，非法从事经营性旅客运输，严重扰乱运输市场秩序，情节严重的，可能构成非法经营罪；若因非法载客导致人员伤亡，可能涉及交通肇事罪等。

三、民事赔偿责任

除了行政处罚和刑事处罚外，非法载客行为造成损害的，相关部门还可能要求船主对乘客的人身伤害和财产损失进行赔偿。

四、实际案例

以某市交通执法队查处的一起小型客船非法营运案例为例，该船驾驶员在未取得相关证书的情况下，驾驶摩托艇搭载乘客并发生事故，导致乘客受伤。执法人员依法对当事人作出了罚款和责令停止经营的处罚，并移送公安机关处理其无证驾驶行为。这一案例警示了农用船等非客运船只不得从事载客业务的重要性。

综上所述，农用船非法载客将面临严厉的处罚措施，包括警告、罚款、暂扣或吊销相关证件、拘留以及民事赔偿责任等。为了保障公共安全和维护正常的渔业生产秩序和水路运输秩序，建议农用船所有者和船长加强法律意识，严格遵守相关法律法规，确保船只的安全航行和合法使用。