针对你提出的问题“未按照指定通道运输生猪是备案地处罚还是物流公司所在地处罚”，首先明确结论：未按照指定通道运输生猪的违法行为，应由县级以上人民政府农业农村主管部门进行处罚，具体是备案地还是物流公司所在地处罚，需根据实际情况判断，但通常与备案地关系更为紧密。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国动物防疫法》第五十二条第三款规定，从事动物运输的单位、个人以及车辆，应当向所在地县级人民政府农业农村主管部门备案。这意味着，生猪运输车辆需要在其备案地进行相关的备案手续。
   • 同时，《中华人民共和国动物防疫法》第九十八条第三项规定，违反本法规定，未按照生猪备案的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，并处以罚款。因此，处罚权在县级以上人民政府农业农村主管部门。

2. 处罚地点的判断：

   • 通常情况下，未按照指定通道运输生猪的违法行为，更可能与备案地相关，因为备案地是生猪运输车辆合法性的起点，也是监管部门进行监管的重要依据。
   • 物流公司所在地虽然也可能涉及运输过程中的监管，但如果生猪运输车辆已经完成了备案手续，而只是在运输过程中未按照指定通道行驶，那么处罚更应侧重于备案地的监管部门。
   • 当然，如果物流公司存在明知故犯、协助或纵容未按照指定通道运输生猪的行为，那么物流公司所在地也可能成为处罚的地点。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，监管部门会根据具体情况来判断处罚的地点和对象。如果生猪运输车辆未按照指定通道运输，且该行为与备案地有直接关系（如备案信息不实、未按规定路线行驶等），那么备案地的农业农村主管部门会进行处罚。
   • 如果物流公司被查明存在违法行为（如未履行监管职责、协助未备案车辆运输等），那么物流公司所在地的监管部门也可能进行处罚。

综上所述，未按照指定通道运输生猪的违法行为，应由县级以上人民政府农业农村主管部门进行处罚。具体是备案地还是物流公司所在地处罚，需根据实际情况判断，但通常与备案地关系更为紧密。如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询。