针对“菌落总数超标如何定性处罚”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、定性依据

菌落总数超标通常被视为违反了食品安全标准。具体来说，如果食品中的菌落总数超过了国家规定的限量标准，如GB 2717-2018《食品安全国家标准 酱油》等相关标准中的要求，那么该食品就被认定为不合格产品。这种不合格产品的生产经营行为，违反了《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的相关规定，其中明确指出了禁止生产经营不符合食品安全标准的食品。

二、处罚依据

对于菌落总数超标的食品生产经营行为，市场监督管理部门将依据相关法律法规进行处罚。以您提供的案例为例，本溪市市场监督管理局依据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条第一款和第二款的规定，对生产经营菌落总数超过食品安全标准限量的酱油的违法行为进行了行政处罚。

三、处罚措施

具体的处罚措施可能包括但不限于以下几种：

1. 罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，市场监督管理部门可以对违法者处以一定数额的罚款。
2. 没收违法所得：对于已经销售的不合格产品，市场监督管理部门可以没收违法者的违法所得，即销售不合格产品所获得的收入。
3. 责令停产停业：在严重情况下，市场监督管理部门可以责令违法者停产停业，以整顿和规范其生产经营行为。
4. 吊销许可证：如果违法者的行为特别严重，或者多次违反食品安全法规，市场监督管理部门可以吊销其食品生产经营许可证，禁止其继续从事食品生产经营活动。

四、实际案例

以您提供的本溪市某调味品有限公司生产经营菌落总数超过食品安全标准限量的酱油案为例，该公司因生产销售的酱油菌落总数超标，被本溪市市场监督管理局依法进行了行政处罚。这不仅包括了罚款和没收违法所得，还可能对其未来的生产经营活动产生一定的影响。

综上所述，菌落总数超标的定性处罚主要依据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规进行。市场监督管理部门将根据违法行为的严重程度和造成的后果，采取相应的处罚措施，以保障食品安全和消费者的合法权益。