工伤后部门不让转正是不合法的。下面我将从法律角度为你详细解释这个问题。

首先，根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者在工作过程中发生工伤，并不影响其与用人单位之间的劳动关系。工伤是劳动者在履行工作职责过程中受到的伤害，理应受到法律的保护。因此，部门以工伤为由不让员工转正，是违反劳动法律法规的行为。

其次，从公平合理的角度来看，劳动者在工作中受伤，本身已经遭受了身体上的伤害和经济上的损失。如果此时用人单位再以工伤为由拒绝转正，无疑是对劳动者的二次伤害。这种行为不仅不公平，也不符合社会公德和职业道德。

最后，如果你遇到了这样的情况，建议你首先与用人单位进行沟通，明确表达你的立场和诉求。如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，工伤后部门不让转正是不合法的。作为劳动者，你有权要求用人单位按照法律法规和公平合理的原则处理你的劳动关系问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。