关于“一式四份只盖了两份合同是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
首先，明确结论：
一式四份的合同，如果只盖了两份，从法律上讲，并不直接影响合同的效力。合同的效力主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、以及是否满足法律规定的其他生效要件，如签字或盖章等。
接下来，详细分析：
合同份数与效力的关系：
- 合同的份数主要是为了方便双方及可能涉及的第三方（如见证人、备案机构等）留存和查阅，并不直接决定合同的效力。
- 只要合同内容完整、清晰，且双方均已在合同上签字或盖章表示认可，那么即使只有一份合同，也是具有法律效力的。
盖章的要求：
- 在合同中，盖章通常被视为对合同内容的确认和接受，是合同生效的一个重要标志。
- 如果合同规定需要盖章，那么至少应有一份合同上加盖了双方的印章。如果只有两份合同盖章，而其他两份未盖章，这并不影响已盖章合同的效力。
可能的风险：
- 虽然从法律上讲，只盖了两份合同并不影响其效力，但在实际操作中，如果未盖章的合同被遗失或篡改，可能会给合同的执行和维权带来困难。
- 因此，建议双方在签订合同时，应确保所有份数的合同都完整盖章，并妥善保管。
最后，给出建议：
- 在签订合同时，应仔细检查合同内容，确保所有条款都清晰、明确，并符合双方的意愿。
- 双方应共同在合同上签字或盖章，以确认合同的效力。
- 如果合同有多份，应确保每份合同都完整盖章，并妥善保管，以避免可能出现的纠纷和风险。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在合同纠纷或其他法律问题上需要进一步的帮助，请随时向我咨询。