针对您提出的问题“个体户一年养5000只猪是否合法以及报税问题”，我将从两个方面进行详细解答：

一、合法性方面

个体户养殖猪只的合法性主要取决于当地的法律法规、政策规定以及环保要求等。一般来说，如果个体户按照相关规定办理了养殖许可、环保审批等手续，并且遵守了相关的养殖规范和标准，那么养殖5000只猪是合法的。

然而，需要注意的是，不同地区的具体规定可能有所不同。因此，建议您在养殖前咨询当地的相关部门，了解具体的政策要求和办理流程，确保您的养殖行为符合法律法规。

二、报税方面

根据国家税务总局的相关规定，个体工商户从事种植业、养殖业、饲养业、捕捞业等，通常不征收个人所得税。这意味着，如果您的个体户主要从事猪只养殖，并且没有其他应税收入，那么您可能不需要缴纳个人所得税。

但是，这并不意味着您不需要进行税务申报。即使您的养殖收入不征税，您仍然需要按照相关规定进行税务登记和申报，以便税务部门了解您的经营情况和税收状况。

此外，如果您的个体户除了养殖收入外，还有其他应税收入（如销售猪肉、提供养殖技术服务等），那么您需要按照相关规定缴纳相应的税款，并进行税务申报。

综上所述，个体户一年养5000只猪在办理相关手续并遵守法律法规的前提下是合法的。在报税方面，虽然养殖收入可能不征税，但您仍然需要进行税务登记和申报。如有其他应税收入，则需按规定缴纳税款。建议您在具体操作前咨询当地的相关部门或税务机构，以确保您的行为符合法律法规并避免不必要的税务风险。