商户合同租金纠纷通常属于以下部门管辖：

1. 工商行政管理部门：该部门可对合同的签订、履行等情况进行监督管理，并协助调解纠纷。如果商户之间的租金纠纷涉及合同履行的具体问题，可以向工商行政管理部门寻求帮助。

2. 消费者协会：若租金纠纷涉及消费者权益方面的争议，例如租户作为消费者认为租金收取不合理或存在欺诈行为，可以向消费者协会投诉，协会将提供调解服务。

3. 房屋管理部门：根据《商品房屋租赁管理办法》第四条，县级以上地方人民政府建设（房地产）主管部门负责本行政区域内房屋租赁的监督管理。因此，房屋管理部门也是处理租金纠纷的相关部门之一。

4. 仲裁机构：如果商户在租赁合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，那么可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁过程具备高效率及高度保密性的优势。

5. 人民法院：如果纠纷无法通过其他途径解决，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院将依据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定进行审理，并作出公正裁决。

综上所述，商户合同租金纠纷可以根据具体情况向工商行政管理部门、消费者协会、房屋管理部门、仲裁机构或人民法院寻求解决。在选择解决途径时，建议根据实际情况和合同约定进行审慎判断，并妥善收集保管好相关证据，如租赁合同文本、支付款项证明以及沟通过程中的相关记录等，以便更好地维护自身合法权益。