针对“合同约定以保理方式付款，法院如何判决”的问题，法院在判决时会综合考虑多个方面，以确保判决的公正性和合理性。以下是对法院判决流程的详细解析：

一、审查合同条款

1. 明确权利义务：法院会首先审查保理合同中的具体条款，明确双方（保理商和债务人）的权利和义务，包括付款条件、期限、方式等。
2. 争议解决约定：同时，法院会关注合同中关于争议解决的约定，如是否有仲裁条款或约定管辖法院等，以确定案件的受理和审理程序。

二、核查基础交易

1. 真实性核查：法院会核查基础交易的真实性，包括交易背景、交易过程、交易凭证等，以确保交易的真实性和合法性。
2. 应收账款合法性：同时，法院会审查应收账款的合法性，包括应收账款的产生、金额、期限等，以判断其是否符合保理合同的要求。

三、判断违约行为

1. 违约行为认定：法院会根据合同条款和交易事实，判断债务人是否存在违约行为，如未按时付款、提供虚假信息等。
2. 合同效力评估：若基础交易存在欺诈、违法等情形，可能会影响保理合同的效力，法院会对此进行评估。

四、支持权利主张

1. 保理商权利：若保理商的权利主张符合法律规定和合同约定，如要求债务人付款、承担违约责任等，法院一般会予以支持。
2. 举证责任：在诉讼过程中，遵循“谁主张谁举证”的原则。保理商需证明其权利主张的合法性和合理性，债务人则需证明其不存在违约行为或基础交易存在问题。若证据不足，可能承担不利后果。

五、综合判定

1. 法律法规依据：法院在判决时会依据相关法律法规，如《合同法》、《民法典》等，确保判决的合法性和公正性。
2. 案件事实结合：结合具体案件事实，法院会综合考虑双方的权利义务、交易情况、违约行为等因素，作出公正、合理的判决。

综上所述，法院在判决合同约定以保理方式付款的案件时，会综合考虑合同条款、基础交易、违约行为、权利主张等多个方面，并依据相关法律法规和案件事实作出公正、合理的判决。