公司债务超过两年仍然可以起诉。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 诉讼时效期间的规定：

   • 根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从债务履行期限届满之日起的三年内，债权人都有权通过向法院起诉的方式来主张自己的债权。

2. 超过诉讼时效期间的起诉与抗辩：

   • 即便债务已经超过了两年，甚至接近或超过三年的诉讼时效，债权人仍然可以向法院提起诉讼。因为法院在受理案件时，并不会主动适用诉讼时效的规定。
   • 然而，需要注意的是，如果债务人以诉讼时效期间届满为由进行抗辩，并且经法院查明没有诉讼时效中止、中断或延长等法定事由，那么债权人的胜诉权可能会丧失。即，法院可能不会支持债权人要求债务人履行债务的诉求。

3. 诉讼时效的中断与重新计算：

   • 如果在超过两年甚至可能接近或超过三年的期间内，存在一些导致诉讼时效中断的情形（如债权人向债务人主张过权利、债务人同意履行义务、或者之前已经提起过诉讼但未能得到解决等），那么诉讼时效就会重新计算。
   • 这些行为能够有效地中断诉讼时效的进行，从而为债权人提供更多的时间来维护自己的权益。

4. 实际操作建议：

   • 在处理公司债务问题时，建议债权人及时收集并保存相关证据，以证明在诉讼时效期间内曾主张过权利或存在其他导致诉讼时效中断的情形。
   • 如果债务确实已经超过了诉讼时效，但债权人仍有意愿追讨，可以尝试与债务人进行协商，看是否能够达成还款协议。
   • 如果协商无果，且债权人决定通过法律途径来维护自己的权益，那么建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，公司债务超过两年仍然可以起诉，但关键在于是否存在诉讼时效中断的情形以及能否有效应对债务人的抗辩。在处理此类问题时，建议债权人谨慎行事，并考虑寻求专业律师的法律援助。