如果医疗机构主要负责人和执业许可证上法人相符，但主要负责人与实际不符，那么这种情况是违法的。下面我将对此进行详细解释：

1. 法规依据：

   • 根据《医疗机构管理条例实施细则》的相关规定，医疗机构的法定代表人或者主要负责人需要符合一定的条件，且不得由正在服刑、不具有完全民事行为能力、发生二级以上医疗事故未满五年的医务人员等担任。
   • 同时，该细则并未明确禁止法定代表人与主要负责人不能为同一人，但强调了主要负责人的资格条件。

2. 实际情况分析：

   • 如果执业许可证上的法人与实际主要负责人相符，但这一人与医疗机构内部记录或实际运营中的主要负责人不符，那么这构成了信息不一致的情况。
   • 这种信息不一致可能涉及虚假申报、违规操作等问题，违反了医疗机构管理的相关规定。

3. 法律后果：

   • 医疗机构可能面临行政处罚，如警告、罚款、吊销执业许可证等。
   • 如果因此导致了医疗纠纷或医疗事故，医疗机构还可能承担相应的民事赔偿责任。

4. 建议：

   • 医疗机构应确保执业许可证上的信息与实际情况一致，避免信息不一致带来的法律风险。
   • 如果发现信息不一致，应及时向相关部门报告并更正，以确保医疗机构的合法运营。

综上所述，医疗机构主要负责人和执业许可证上法人相符，但主要负责人与实际不符是违法的。医疗机构应严格遵守相关规定，确保信息的真实性和一致性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。