针对您提出的“药品经营许可证主要负责人可以是法人吗”这一问题，结合您提供的参考信息，我将为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，药品经营许可证的主要负责人与营业执照的负责人（或法人）是否必须为同一人，这主要取决于药店的经营类型和具体规定。
对于连锁药店：
- 根据省药品监督管理局的回复，连锁药店的分公司药店《营业执照》负责人和《药品经营许可证》主要负责人通常需要保持一致。这是因为连锁药店的法人通常是连锁总部的法人，为了确保管理和责任的统一性，主要负责人和营业执照上的负责人往往会是同一人。但这并不意味着在所有情况下都必须如此，具体还需根据当地药品监管部门的实际要求和规定来确定。
对于个体零售店：
- 个体零售店的《营业执照》负责人只有一个法人，而《药品经营许可证》的主要负责人则不一定与营业执照一致。这意味着，在个体零售店的情况下，药品经营许可证的主要负责人可以是法人，也可以不是法人，这主要取决于药店的实际运营和管理需要。
关于变更申请：
- 如果药品零售连锁门店需要提交变更药品经营许可证主要负责人、质量负责人的申请材料，且申请变更的主要负责人非营业执照中的负责人（即营业执照未变更负责人），这种情况是否允许，需根据当地药品监管部门的实际规定来判断。一般来说，如果变更符合相关规定和程序，且不会影响药店的正常运营和药品安全，那么这种变更通常是允许的。
综合解答：
药品经营许可证的主要负责人可以是法人，但这并不是绝对的。它取决于药店的经营类型（连锁药店或个体零售店）以及当地药品监管部门的实际要求和规定。对于连锁药店，主要负责人和营业执照上的负责人往往需要保持一致；而对于个体零售店，则没有这样的严格要求。在申请变更药品经营许可证主要负责人时，需遵循当地药品监管部门的相关规定和程序。
因此，如果您是连锁药店的法人，且希望成为药品经营许可证的主要负责人，建议您先了解当地药品监管部门的具体要求；如果您是个体零售店的法人，且希望将药品经营许可证的主要负责人变更为非法人，同样需要遵循相关规定和程序进行申请。