国有土地上房屋不能通过私下协议的方式进行拆迁。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，国有土地上的房屋征收与拆迁是由国家出于公共利益的需要进行的，具体由市、县级人民政府作出房屋征收决定，并由专门的拆迁部门与被拆迁人就拆迁事宜进行沟通，进而形成双方均认可的拆迁补偿协议。

这种拆迁补偿协议具有法律效力，内容涵盖补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等关键事项。补偿协议订立后，如果一方当事人不履行协议约定的义务，另一方当事人有权依法提起诉讼。

因此，国有土地上的房屋拆迁并非可以由当事人私下协议达成，而是必须遵循国家法律法规的规定，通过政府征收与拆迁的程序进行，并确保拆迁补偿协议的合法性和公正性。如果面临拆迁问题，建议咨询专业的法律人士或相关部门，以了解自己的权益和义务，确保合法合规地处理拆迁事宜。