公务员配偶持有私营企业股份是否违规，需根据具体情况判断，并据此作出相应处理。
一. 违规情形的判断
主动利用职权提供便利：若公务员积极主动利用职权或职务上的影响，为配偶持股的私营企业提供便利、谋取私利，则根据《中国共产党纪律处分条例》（以下简称《条例》）第一百零四条，该行为违反廉洁纪律，应视情给予党内警告直至开除党籍处分。
纵容、默许违规经商：若公务员未直接利用职权提供帮助，但纵容、默许配偶利用本人职权或职务上的影响违规持有私营企业股份，根据《条例》第九十六条，同样认定为违反廉洁纪律，并视情给予党内警告直至开除党籍处分。
利益冲突：若公务员未利用职权提供帮助，且没有纵容、默许，但配偶在其管辖的地区和业务范围内持有私营企业股份，可能影响其公正执行公务，根据《条例》第一百零七条，纪检监察机关应责令公务员予以纠正，由其督促配偶停止违规持股行为，或调整经营范围、退出相关企业等。
二. 处理措施
责令纠正与纪律处分：对于上述违规情形，纪检监察机关应首先责令公务员予以纠正。若公务员拒不纠正，或既不纠正也不辞去现任职务或不服从组织调整职务，根据《条例》相关规定，应给予其撤销党内职务处分。
违纪所得的处置：对于利用职权或纵容、默许配偶违规持股所获利益，应作为违纪所得予以收缴。无法准确计算数额的，可依据公务员交代的盈利情况，在其自愿上交相关财物后按登记上交处理。
综上所述，公务员配偶持有私营企业股份是否违规，需根据公务员是否利用职权或职务上的影响、是否纵容默许配偶违规持股以及是否存在利益冲突等具体情况来判断，并据此作出相应处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。