公司通过微信结算工资本身并不直接构成违法，但确实存在一系列潜在的法律风险和管理问题。为了确保合法合规并保障双方权益，建议用人单位在支付工资时优先考虑使用银行转账等更为正式、安全的支付方式。

合法性分析

根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按时足额支付给劳动者，且应支付给劳动者本人，并提供工资清单。微信支付作为一种电子支付方式，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，并不违反以法定货币支付工资的要求。只要用人单位与员工协商一致，且确保足额、及时支付，这种支付方式在法律上是被允许的。

潜在法律风险与管理问题

1. 举证困难与证据留存：

   • 微信转账记录虽然可以作为支付工资的凭证，但其法律效力相对较弱，尤其在劳动争议中可能难以证明该笔转账是工资及其具体构成、支付周期等关键信息。
   • 为增强证据的法律效力，建议用人单位保存完整的微信转账记录，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息，同时考虑与银行转账记录相结合。

2. 税务合规风险：

   • 微信支付可能未完全纳入税务系统监管，存在税务合规风险。
   • 用人单位需确保按照税法规定代扣代缴个人所得税，并及时向税务机关报送相关纳税资料，以避免税务问题引发的法律风险。

3. 社保缴纳问题：

   • 社保缴费基数通常根据员工工资收入确定。微信支付可能导致工资收入数据不透明，从而影响社保缴费基数的准确性，进而损害员工社保权益。
   • 用人单位应确保所有工资收入都透明化，并依法为员工缴纳社保费用。

4. 资金安全问题：

   • 微信支付存在一定的资金安全风险，如账户被盗用、密码泄露等可能导致资金损失。
   • 用人单位应加强微信账户的安全管理，确保资金安全。

5. 管理效率问题：

   • 使用微信支付工资可能增加用人单位的管理成本和工作量。
   • 建议用人单位考虑使用更高效的支付方式，如银行转账，以实现批量处理和自动化管理。

总结与建议

综上所述，虽然公司通过微信结算工资本身不违法，但应充分考虑其潜在的法律风险和管理问题。为确保合法合规地支付工资并保障双方权益，建议用人单位优先选择银行转账等更为正式、安全的支付方式。如果确实需要使用微信支付等其他方式支付工资，也应建立完善的管理制度和流程来确保资金安全、证据留存、税务合规以及高效管理等方面的要求得到满足。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。