商铺使用权转让协议在符合一定条件时是合法的。以下是针对这一问题的详细分析：

1. 合同的有效性：

   • 商铺使用权转让协议，作为合同的一种，必须满足《中华人民共和国民法典》中关于合同有效性的规定。即合同当事人需具备相应的民事权利能力和民事行为能力，合同内容应真实、合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。

2. 原租赁合同与出租人的同意：

   • 如果商铺是租赁来的，那么在转让使用权之前，必须取得出租人的明确同意。这是因为承租人未经出租人同意擅自转让使用权可能构成违约，出租人有权解除合同。根据《民法典》第七百一十六条，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。

3. 特殊商铺的审批或备案：

   • 对于某些特殊类型的商铺，如涉及公共利益或特定行业规定的（如餐饮、烟草销售等），可能需要经过相关部门的审批或备案手续，以确保经营活动的合法性和合规性。

4. 受让方资质与条件：

   • 受让方在接收商铺使用权时，也需具备从事相关经营活动的合法资质和条件。例如，如果商铺用于食品经营，受让方需持有健康证、食品经营许可证等。

5. 遵循相关法律法规：

   • 商铺使用权的转让还需遵循工商登记、税务变更等其他相关法律法规的规定，确保转让行为的全面合法性。

综上所述，商铺使用权转让协议在满足合同有效性、出租人同意（如适用）、特殊行业审批或备案（如适用）、受让方具备合法资质，以及遵循相关法律法规等条件时，是合法有效的。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。