针对您提出的“土地份额明确但对方不配合办理，法院会怎么判”的问题，以下是我的详细解答：
首先，如果法院已经对土地份额做出了明确的判决，那么这份判决是有法律效力的，必须履行。如果对方不配合办理相关手续，实际上是在违反法院的判决。
在这种情况下，您可以首先尝试与对方进行沟通协商，明确告知其不配合履行的法律后果，希望对方能够主动配合完成土地份额的变更登记等手续。这是解决问题的初步措施，也是相对和平的方式。
如果沟通协商无果，您可以考虑采取以下法律途径来维护自己的合法权益：
申请强制执行：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，您可以向人民法院申请强制执行。
- 提交申请材料时，需要包括强制执行申请书、生效法律文书副本以及证明对方未履行义务的证据。
- 法院有权采取多种执行措施，如向土地管理部门发出协助执行通知书，直接办理土地份额的变更登记手续；或者对有能力执行而拒不执行的被执行人进行罚款、拘留等。
单方申请不动产登记：
- 依据《不动产登记暂行条例》的相关规定，您可以凭借人民法院生效的法律文书单方申请不动产登记。
- 需要携带判决书、身份证明等材料，向不动产登记机构申请将土地份额登记在自己名下。不动产登记机构在审核无误后，会依法办理登记手续。
提起侵权之诉：
- 如果因对方不配合导致您的权益受损，如土地增值部分无法合理分配，您可以另行提起侵权之诉。
- 在提起侵权之诉时，需要充分收集证据，证明对方的不配合行为与您所遭受损失之间的因果关系，并要求对方赔偿损失。
追究刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果对方拒不执行法院判决，且情节严重，可能构成拒不执行判决、裁定罪。
- 在这种情况下，您可以通过法律途径追究对方的刑事责任。
在整个过程中，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以协助您收集证据、准备申请材料，提供法律咨询与指导，确保您的权益得到最大保障。
综上所述，面对土地份额明确但对方不配合办理的情况，您可以通过沟通协商、申请强制执行、单方申请不动产登记、提起侵权之诉以及追究刑事责任等法律途径来维护自己的合法权益。希望这些解答能够对您有所帮助。