招标文件中只允许交保证金，不要保函是不合法的。以下是具体的法律分析：

一. 招标文件的规定应遵守相关法律法规

• 根据国家发改委、工业和信息化部、住房和城乡建设部等13部门联合印发的《关于完善招标投标交易担保制度 进一步降低招标投标交易成本的通知》（发改法规〔2023〕27号），招标人应当同时接受现金保证金和银行保函等非现金交易担保方式。
• 招标文件作为招标投标活动的重要依据，其内容必须严格遵守国家法律法规和相关政策文件的规定。

二. 招标人不得强制要求投标人缴纳现金保证金

• 《通知》中明确强调，依法必须招标项目的招标人不得强制要求投标人、中标人缴纳现金保证金。
• 这意味着，招标人不能通过招标文件单方面规定只允许交保证金而不接受保函。

三. 投标人、中标人有权选择交易担保方式

• 《通知》鼓励招标人接受担保机构的保函、保险机构的保单等其他非现金交易担保方式。
• 投标人、中标人在招标文件约定范围内，可以自行选择交易担保方式，招标人、招标代理机构和其他任何单位不得排斥、限制或拒绝。

综上所述，招标文件中只允许交保证金，不要保函是不合法的。招标人应当同时接受现金保证金和银行保函等非现金交易担保方式，并不得强制要求投标人、中标人缴纳现金保证金。如有进一步需要，您可以继续咨询我。