民商事纠纷可以选择海事仲裁机构进行仲裁，但这通常取决于纠纷的性质以及仲裁协议的具体内容。

1. 纠纷性质：

   • 如果民商事纠纷涉及海事领域，例如船舶碰撞、海上货物运输、海洋资源开发等，那么选择海事仲裁机构是合适的，因为海事仲裁机构通常具备处理这类专业纠纷的经验和专业知识。
   • 如果民商事纠纷与海事领域无直接关联，例如一般的买卖合同纠纷、公司股权争议等，那么可能更倾向于选择一般的民商事仲裁机构。

2. 仲裁协议：

   • 仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交仲裁解决的书面约定。如果仲裁协议中明确指定了海事仲裁机构作为争议解决机构，那么双方当事人应当遵守该约定，将纠纷提交至指定的海事仲裁机构进行仲裁。
   • 如果仲裁协议中未明确指定仲裁机构，或者约定的仲裁机构不明确，那么双方当事人可以协商选择海事仲裁机构或其他合适的仲裁机构进行仲裁。

此外，值得注意的是，我国已经有多部法律法规和司法解释对临时仲裁作出了规定，并且在实践中也已经出现了涉外海事临时仲裁的案例。因此，在符合相关法律法规和仲裁规则的前提下，民商事纠纷的当事人也可以选择临时仲裁作为争议解决方式，并可以约定在上海等特定地点进行。

综上所述，民商事纠纷是否可以选择海事仲裁机构进行仲裁，取决于纠纷的性质以及仲裁协议的具体内容。如果纠纷涉及海事领域且仲裁协议中明确指定了海事仲裁机构，或者双方当事人协商同意选择海事仲裁机构进行仲裁，那么是可以选择海事仲裁机构的。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。