当犯罪嫌疑人拒不承认犯罪事实时，司法机关会依据“重证据、重调查研究，不轻信口供”的原则进行处理。以下是对此情况处理流程的详细解释：

1. 全面收集证据：

   • 司法机关不会因犯罪嫌疑人的否认而停止侦查，而是会全面、客观地收集与案件相关的各类证据，包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、鉴定意见、勘验检查笔录以及视听资料、电子数据等。
   • 这些证据将用于构建完整的证据链，以证明犯罪事实的存在。

2. 证据审查与质证：

   • 在审查起诉阶段，检察机关会对侦查机关移送的案件进行全面、细致的审查，判断证据是否确实、充分，能否形成完整的证据链。
   • 在审判阶段，控方会出示各种证据证明犯罪嫌疑人有罪，犯罪嫌疑人及其辩护人则有权对证据进行质证，发表辩护意见。

3. 法院裁判：

   • 法院会根据庭审情况和全案证据进行综合判断。
   • 若证据确实、充分，能够排除合理怀疑地证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，即便其不承认，法院也会依法作出有罪判决。
   • 反之，若证据不足或存在合理怀疑，法院则会作出无罪判决。

4. 对犯罪嫌疑人的影响：

   • 犯罪嫌疑人的承认与否并非定罪的唯一依据，关键在于证据是否确实、充分。
   • 若犯罪嫌疑人拒不承认且证据确凿，其可能会面临从重处罚的情况，因为法院可能会认为其认罪态度不佳。

综上所述，即使犯罪嫌疑人拒不承认犯罪事实，司法机关仍会依据全面、客观的证据进行审查和裁判。因此，对于犯罪嫌疑人而言，如实供述、积极配合调查是更为明智的选择。如果你或你身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解法律程序和权益保障。