公司设定末位淘汰制并不是为了后期合法解雇员工。具体分析如下：

一. 末位淘汰制的本质与局限性

1. 末位淘汰制的定义：末位淘汰制是企业根据自身目标和岗位实际情况，设定考核指标体系，对员工进行考核，并根据考核结果淘汰得分靠后的员工的一种管理制度。
2. 末位并不等同于不能胜任：末位只是员工之间的相对排名，它并不能直接证明员工不能胜任工作。因为末位可能受多种因素影响，如考核标准的科学性、公正性，员工得到的培训和支持等。

二. 法律对解除劳动合同的规定

1. 法定情形：根据《劳动合同法》第四十条，用人单位在以下情况下可以解除劳动合同：劳动者患病或非因工负伤后不能从事工作；劳动者不能胜任工作且经培训或调岗后仍不能胜任；劳动合同订立时的客观情况发生重大变化导致无法履行且协商未达成变更协议。
2. 末位淘汰并非法定解雇情形：末位淘汰并不属于上述法定情形中的任何一种，因此不能直接作为解雇的依据。

三. 违法解雇的后果

如果用人单位以末位淘汰为由直接解雇员工，将构成违法解除劳动合同。用人单位因此需要承担相应的法律责任，包括但不限于支付赔偿金。赔偿金的计算标准通常是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。

四. 合理做法与建议

1. 完善考核制度：确保考核标准的公平、公正和合理性，避免单一或短期的考核指标导致的不公。
2. 遵循法定程序：如果认为员工不能胜任工作，应先对员工进行培训或调整工作岗位，并确保这一过程的合法性和合规性。
3. 加强沟通与反馈：与员工进行充分的沟通和反馈，帮助他们了解自己的工作表现和改进方向。

综上所述，公司设定末位淘汰制并不是为了后期合法解雇员工。用人单位在实施末位淘汰制时，应当谨慎对待，并确保其符合法律法规的要求，避免构成违法解雇。如有进一步需要，您可以继续咨询我。