确认劳动关系适用劳动仲裁时效。

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的明确规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在确认劳动关系纠纷中，如果劳动者超过仲裁时效申请仲裁，且不存在时效中断、中止等法定情形，其仲裁请求可能会因超过时效而不被支持。例如，劳动者入职后未签合同，一段时间后单位否认与其存在劳动关系，此时劳动者要在仲裁时效内申请仲裁确认劳动关系。若劳动者离职后较长时间才主张确认劳动关系，而又无法证明存在时效中断、中止事由，可能面临不利后果。

同时，也有一些特殊情况需要注意。比如，在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。另外，如果因不可抗力或有其他正当理由导致当事人不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效将中止，从中止时效的原因消除之日起继续计算。

因此，劳动者在申请仲裁确认劳动关系时，应特别注意时效的起算、中断、中止及顺延情形，及时提出申请，避免因超过时效而丧失法律保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。