村干部代付工程款并出具证明的行为，需结合具体情况分析其法律效力。

一. 代付工程款的行为分析

1. 代付行为的合法性：村干部代付工程款，若该行为是基于村民会议或村民代表会议的决议，且资金来源合法，那么该代付行为本身是合法的。
2. 代付后的证明效力：村干部代付工程款后出具的证明，若内容真实、形式合法，且能够与其他证据（如转账记录、合同等）相互印证，则具有一定的证明效力。

二. 证明的法律效力分析

1. 证据的真实性：证明的法律效力首先取决于其真实性。若证明内容虚假，则无论村干部身份如何，该证明均无法律效力。
2. 证据的合法性：证明的出具应当符合法律程序。例如，证明上应当有出具人的签名、盖章，且出具人应当具有出具该证明的权限。村干部若未经授权或超越权限出具证明，可能影响证明的法律效力。
3. 证据的关联性：证明的内容应当与待证事实具有关联性。若证明内容与工程款支付无关，或无法证明工程款支付的事实，则该证明在相关纠纷中可能不具有证明力。

三. 综合判断

• 结合具体情况：村干部代付工程款并出具证明的行为，其法律效力需结合代付行为的合法性、证明的真实性、合法性及关联性进行综合判断。
• 可能的风险：若村干部代付工程款未经合法程序，或出具的证明内容虚假、形式不合法，或无法证明待证事实，均可能导致该证明在相关法律纠纷中不被采纳。

我建议：在实际操作中，若涉及工程款支付及证明出具等事宜，应尽可能遵循法律程序，确保行为的合法性和证明的有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。