针对您提出的问题，关于机关单位因疏忽少付了施工方工程款的情况，以下是我的详细解答：

首先，机关单位应当承担支付剩余工程款的责任。

1. 合同责任：

   • 机关单位与施工方之间签订的建设工程施工合同是双方真实意思的表示，合法有效。根据合同法的相关规定，合同双方应当全面履行自己的义务。机关单位作为发包方，应当按照合同约定的价款和时间支付工程款。
   • 若因疏忽导致少付了工程款，机关单位应当立即补足差额，并承担因迟延支付而产生的违约责任，如支付逾期利息等。

2. 法律责任：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，机关单位作为民事主体，应当遵循诚信原则，履行自己的民事义务。少付工程款的行为违反了这一原则，也违反了合同法的相关规定。
   • 若施工方因此提起诉讼，机关单位不仅需要支付剩余工程款，还可能面临承担诉讼费用、律师费用等额外支出的风险。

3. 后续处理建议：

   • 机关单位应当立即与施工方进行沟通，确认少付的工程款金额，并尽快安排支付。
   • 若双方对少付金额存在争议，可以共同委托第三方审计机构进行审计，以明确责任。
   • 机关单位应当加强内部管理，完善工程款支付流程，避免类似情况再次发生。

综上所述，机关单位因疏忽少付了施工方工程款，应当承担支付剩余工程款的责任，并可能需要承担因迟延支付而产生的违约责任和额外支出。建议机关单位尽快与施工方沟通解决此事，并加强内部管理以避免类似问题再次发生。如有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。