职能部门聘请第三方进行的农村自建房地籍调查登记记录在法律上是可以被认可的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：根据我国相关法律法规，职能部门在其职权范围内有权进行地籍调查，并可以聘请第三方专业机构协助完成。这些第三方机构通常具备相应的专业资质和技术能力，能够确保调查登记的准确性和合法性。因此，它们所完成的地籍调查登记记录，在法律上具有相应的证明效力。

2. 程序合规性：职能部门在聘请第三方进行地籍调查时，通常会遵循一定的程序规定，如公开招标、合同签订、监督执行等。这些程序规定旨在确保调查过程的公正、透明和合法。只要这些程序得到严格遵守，那么由此产生的地籍调查登记记录就更有可能被法律所认可。

3. 证据效力：在涉及农村自建房产权纠纷、土地征收补偿等法律问题时，地籍调查登记记录往往作为重要的证据材料。如果这些记录是由职能部门聘请的第三方专业机构出具的，且符合相关法律法规和程序规定，那么它们在法庭上就具有较高的证据效力。

综上所述，职能部门聘请第三方进行的农村自建房地籍调查登记记录在法律上是可以被认可的。这些记录不仅具有法律依据和程序合规性，还在涉及相关法律问题时具有重要的证据效力。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律解答，请直接向我咨询。