客户货款超过三年已过诉讼时效再签还款协议，一般来说是有效的。下面我从几个方面来详细解释这个问题：
还款协议的法律效力：
- 还款协议本身是一种合同，只要双方自愿、平等、真实地签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么它就是具有法律效力的。
- 即使原货款已经超过诉讼时效，但双方重新签订还款协议，实际上是对原债权债务关系的一种重新确认和约定，因此新的还款协议是有效的。
诉讼时效的影响：
- 诉讼时效是法律规定的一种期间，超过这个期间，债权人就失去了通过诉讼方式追讨债务的权利。
- 但是，诉讼时效的超过并不意味着债权债务关系的消灭，只是债权人失去了诉讼的强制执行力。
- 因此，即使货款已经超过诉讼时效，但双方仍然可以通过协商、签订还款协议等方式来解决债权债务问题。
签订还款协议时的注意事项：
- 在签订还款协议时，双方应明确约定还款金额、还款期限、还款方式等关键条款。
- 同时，为了确保协议的履行，双方还可以考虑约定违约责任、争议解决方式等条款。
- 如果可能的话，建议双方在签订协议时寻求专业律师的协助，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，客户货款超过三年已过诉讼时效再签还款协议是有效的。但需要注意的是，在签订协议时应谨慎处理各项条款，以确保自身权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。